Fakturace pro e-shopy — automatizace, specifika a nejlepší postupy

2. dubna 2026 · Bc. Filip Procházka, specialista na e-commerce · invoicing

E-shop generuje desítky až stovky objednávek denně. Ruční fakturace nestíhá. Zjistěte, jak automatizovat fakturaci, řešit dobropisy, DPH v režimu OSS a napojit e-shop přes API.

Fakturace pro e-shopy — automatizace, specifika a nejlepší postupy

Rychlá odpověď: Fakturaci e-shopu řešte automaticky — ke každé objednávce vystavte fakturu přes napojení e-shop platformy na fakturační systém (API/webhook). Systém sám rozliší B2B a B2C, použije správnou sazbu DPH (21 % nebo 12 %), vystaví dobropisy při vrácení zboží a u prodeje do EU pohlídá režim OSS. Ruční fakturace ve větším objemu nedává smysl.

Aktualizováno pro rok 2026.

Provozujete e-shop a fakturace vás brzdí? Zatímco klasický podnikatel vystaví pár faktur týdně, e-shop s průměrným provozem generuje desítky až stovky objednávek denně. Ke každé objednávce patří faktura. Ruční vystavování v tomhle objemu nefunguje.

Projdeme si, čím je fakturace pro e-shopy specifická, jaké máte zákonné povinnosti, jak proces automatizovat a na co si dát pozor u DPH, dobropisů a zahraničních zákazníků.

Proč je fakturace pro e-shopy jiná

E-commerce se od běžné fakturace liší v několika bodech.

Objem dokladů je nesrovnatelný. Běžný podnikatel vystaví 10–50 faktur měsíčně, e-shop s rozumným provozem snadno překročí 500. Při sezónních akcích (Black Friday, Vánoce) to může být i několik tisíc za týden.

Zákazník e-shopu očekává fakturu okamžitě po objednávce, ideálně v potvrzovacím emailu. Nemůžete si dovolit čekat, až se ráno podíváte do administrace. Navíc prodáváte spotřebitelům (B2C) i firmám (B2B) — každý typ má jiné požadavky na doklad. A vrácení zboží je běžná věc — zákon dává spotřebiteli 14 dní na odstoupení, ke každému vrácení potřebujete dobropis.

E-shop běží na platformě (Shoptet, WooCommerce, PrestaShop) a fakturační systém s ní musí být propojený. Jinak kopírujete data ručně — a to je recept na chyby.

Povinné náležitosti faktury

Faktura z e-shopu musí splňovat stejné náležitosti jako jakákoli jiná. Podle § 29 zákona o DPH obsahuje číslo faktury (jedinečné, v nepřerušené řadě), datum vystavení a uskutečnění plnění, údaje o dodavateli i odběrateli (u B2B včetně IČO a DIČ), popis položek s množstvím a cenou, rozepsané sazby a výše DPH, celkovou částku a bankovní údaje.

Musíte vystavit fakturu ke každé objednávce? U B2B vždy — plátce DPH je povinen vystavit daňový doklad. U B2C jako plátce DPH taky. Jako neplátce stačí zjednodušený doklad, ale faktura je profesionálnější. V praxi je nejjednodušší vystavovat fakturu automaticky ke každé objednávce — nic nezapomenete a máte kompletní evidenci.

Automatická fakturace po objednávce

Tohle je klíčová funkce. Zákazník vytvoří objednávku, e-shop odešle data do fakturačního systému (přes API nebo webhook), systém vytvoří fakturu — přiřadí číslo, vypočítá DPH, vygeneruje QR kód — a odešle ji zákazníkovi v potvrzovacím emailu jako PDF. Celý proces proběhne během sekund. Co všechno musí hotová faktura obsahovat, shrnuje návod, jak vytvořit a odeslat fakturu.

Automatická fakturace musí zvládnout rozlišit B2B a B2C (když zákazník zadá IČO, systém doplní údaje z ARES), správné sazby DPH u různých produktů (základní 21 %, snížená 12 %, případně 0 %), různé platební metody, slevy a kupóny (správný přepočet základu daně) i dopravu jako samostatnou položku s vlastní sazbou.

Pro zákazníky s pravidelnými objednávkami (předplatné, pravidelný odběr) využijete opakovanou fakturaci — systém generuje faktury v nastavených intervalech bez nové objednávky.

Hromadné faktury

Některé e-shopy nepotřebují fakturu ke každé objednávce zvlášť. Velkoobchodní odběratelé s rámcovou smlouvou, kteří objednávají denně, často chtějí jednu fakturu měsíčně. Systém sbírá objednávky za zvolené období, na konci vygeneruje souhrnný doklad, správně sečte DPH a odešle ho.

U hromadné faktury je datum uskutečnění poslední den fakturačního období. Splatnost běží od data vystavení hromadné faktury, ne od jednotlivých objednávek. A zákazník musí být schopen identifikovat, které objednávky faktura pokrývá.

Vrácení zboží a dobropisy

Vrácení zboží je v e-commerce každodenní realita. Zákazník požádá o vrácení, e-shop schválí a přijme zboží zpět, systém vystaví dobropis automaticky na základě původní faktury a peníze se vrátí zákazníkovi.

Plný dobropis pokryje celou fakturu, částečný jen vrácené položky. Automatizace dobropisů znamená, že systém převezme údaje z původní faktury, vytvoří dobropis se správným propojením, použije správnou sazbu DPH, přepočítá saldo a odešle dobropis emailem.

U e-shopu s vysokým objemem vratek se vyplatí automatizovat celý proces přes API — vrácení v e-shop platformě automaticky spustí vytvoření dobropisu.

Napojení přes API

Ruční přenášení dat mezi e-shopem a fakturačním systémem je nepřijatelné. API propojí oba systémy a zajistí automatický tok dat.

Nová objednávka spustí vytvoření faktury — e-shop odešle data (zákazník, položky, ceny, doprava) na API endpoint, systém vytvoří fakturu a vrátí PDF. Vrácení zboží spustí dobropis. Změna stavu platby aktualizuje fakturu.

Kromě API volání můžete využít webhooky — fakturační systém aktivně informuje e-shop o událostech: faktura vytvořena, zaplacena, dobropis vystaven, platba po splatnosti.

Propojení se Shoptetem (jedna z nejpoužívanějších platforem v Česku) bývá otázkou několika minut — vygenerujete API klíč, přidáte napojení a od té chvíle je fakturace plně automatická.

EET — aktuální stav

Evidence tržeb (EET) byla od roku 2023 zrušena zákonem č. 458/2022 Sb. Nemusíte posílat data na server Finanční správy, nemusíte uvádět FIK na účtenkách ani mít certifikát. To ale neznamená, že nemusíte vést evidenci příjmů — každý příjem musí být doložen daňovým dokladem. Automatická fakturace tuto povinnost pokrývá sama.

Zahraniční zákazníci

Jakmile začnete posílat zboží do zahraničí, fakturace se zkomplikuje.

U prodeje zboží do EU fyzickým osobám (B2C) platí od 1. 7. 2021 režim One Stop Shop (OSS). Pokud vaše přeshraniční prodeje koncovým zákazníkům do EU přesáhnou 10 000 EUR ročně (společný limit za všechny země dohromady), odvádíte DPH v sazbě země zákazníka. Místo registrace v každé zemi se zaregistrujete do OSS v Česku a podáváte jedno čtvrtletní přiznání. Příklad: prodejní cena zboží 1 000 Kč včetně DPH do Německa — při německé základní sazbě 19 % je základ daně 840,34 Kč a DPH 159,66 Kč.

U prodeje firmám v EU (B2B) s platným DIČ fakturujete bez DPH (reverse charge). Na faktuře musí být DIČ odběratele a text „Daň odvede zákazník". U prodeje mimo EU fakturujete bez DPH s textem „Export — plnění osvobozené od DPH". Podrobnosti v článku o fakturaci do zahraničí. Jak se přiznané DPH promítne do přiznání, řeší průvodce přiznáním k DPH.

Ruční vs. automatizovaná fakturace

Ilustrativní příklad (orientační odhad): e-shop s 1 000 objednávkami měsíčně a zhruba 7 minutami na ruční zpracování jedné faktury by potřeboval přes 110 hodin práce měsíčně, tedy více než dva úvazky. Automatická fakturace tenhle čas smrskne na pár hodin kontroly výjimek. Fakturační systém za pár set korun měsíčně se tak typicky zaplatí mnohonásobně.

Ruční fakturace navíc trpí vyšší chybovostí, omezenou škálovatelností a rizikem špatné sazby DPH u zahraničních zákazníků. Automatizovaná fakturace má chybovost blízkou nule, zvládne 10 i 10 000 faktur denně a automaticky počítá DPH včetně OSS a reverse charge.

Nejlepší postupy

Automatizujte vše, co jde — ruční fakturace v e-commerce je minulost. Propojte systémy přes API v reálném čase, žádné ruční exporty CSV. Řešte DPH od začátku, nečekejte na překročení OSS limitu. Automatizujte dobropisy — vrácení zboží je běžná součást e-commerce a celý proces by měl být propojený s platformou.

Sledujte klíčová čísla: počet faktur, průměrná hodnota objednávky, podíl vratek, pohledávky po splatnosti. Daňové doklady archivujte 10 let — u tisíců faktur ročně je digitální archivace jediná rozumná cesta. A nezapomínejte, že faktura je součást zákaznické zkušenosti — profesionální doklad s QR kódem buduje důvěru.

Časté otázky

Musí e-shop vystavovat fakturu ke každé objednávce?

Plátce DPH ano, vždy. Neplátce nemusí spotřebitelům, ale je to doporučeno pro přehlednost a profesionalitu.

Jaká je sazba DPH pro e-shop v roce 2026?

Základní sazba je 21 %, snížená 12 % a u osvobozených plnění 0 %. Sazby 15 % a 10 % byly zrušeny k 1. 1. 2024. Většina zboží spadá pod 21 %, vybrané položky (potraviny, knihy, léky) pod 12 %.

Kdy se e-shop musí registrovat jako plátce DPH?

Registrace se posuzuje za kalendářní rok. Při překročení obratu 2 000 000 Kč se stáváte plátcem od 1. 1. následujícího roku. Při překročení druhého prahu 2 536 500 Kč se stáváte plátcem už dnem následujícím po překročení.

Co je režim OSS a kdy ho e-shop potřebuje?

OSS (One Stop Shop) použijete při prodeji zboží koncovým zákazníkům do EU, jakmile přeshraniční prodeje přesáhnou 10 000 EUR ročně (společný limit za všechny země). Odvádíte DPH v sazbě země zákazníka a podáváte jedno čtvrtletní přiznání v Česku místo registrace v každém státě.

Jak řešit fakturaci u dobírky?

Datem platby je den, kdy kurýr předá peníze (nebo den inkasa od přepravce). Fakturu vystavíte při odeslání a datum platby doplníte později.

Zákazník chce fakturu na firmu, ale objednával jako soukromá osoba?

Vystavíte novou fakturu s firemními údaji a původní stornujete nebo vystavíte dobropis přes opravný doklad.

Jak fakturovat dropshipping?

Zákazníkovi fakturujete vy, i když zboží odesílá dodavatel. Na faktuře jste uvedeni jako dodavatel. Dodavatel fakturuje vám zvlášť.

Jak řešit předplatné?

Pro pravidelné platby využijte automatickou fakturaci — nastavíte frekvenci a systém generuje faktury automaticky.

Jak dlouho archivovat faktury?

Daňové doklady minimálně 10 let od konce zdaňovacího období. U tisíců faktur ročně je digitální archivace v cloudu jediná rozumná cesta.

Kolik stojí automatická fakturace v Doklad.ai?

Doklad.ai je aktuálně zdarma bez limitů na počet faktur. Pro e-shop s vysokým objemem objednávek tak automatizovaná fakturace včetně napojení přes API nepřináší žádné poplatky za počet dokladů.

Fakturace pro e-shopy není jen vystavení dokladu — je to proces zahrnující automatizaci, DPH compliance, dobropisy, API integraci a archivaci tisíců dokumentů. Klíč je automatizace: propojte e-shop s fakturačním systémem, nastavte automatické vystavování a nechte systém řešit DPH.

Bc. Filip Procházka má za sebou 8 let v e-commerce. Provozoval vlastní e-shop a nyní radí ostatním s automatizací obchodních procesů.