Neziskový sektor pod drobnohledem? 36 990 poplatníků a jen desítky kontrol

11. července 2026 · Redakce Doklad.ai · general

Sedm vybraných finančních úřadů evidovalo přes 36 tisíc veřejně prospěšných poplatníků, ale ukončených daňových kontrol byly za rok jen desítky. Data z odpovědi GFŘ dle zákona 106/1999 Sb.

Rychlá odpověď

U sedmi vybraných finančních úřadů evidovala Finanční správa za zdaňovací období 2022 celkem 36 990 veřejně prospěšných poplatníků (VPP), za rok 2023 to bylo 36 276 (vlastní dopočet součtem řádků z odpovědi). Přestože jde o desetitisíce subjektů, počet u nich ukončených daňových kontrol byl mizivý: 30 kontrol za rok 2022 a 35 za rok 2023 (vlastní dopočet).

Údaj pochází z odpovědi Generálního finančního ředitelství (GFŘ) dle zákona č. 106/1999 Sb.

Konkrétně to znamená, že daňová kontrola se u těchto neziskových subjektů týkala řádově setin procenta z nich. Nejaktivnějšími nástroji správce daně nebyly plné kontroly, ale spíše postupy k odstranění pochybností (88 v roce 2022, 98 v roce 2023) a v roce 2022 i místní šetření (100 případů), jejichž počet ovšem v roce 2023 spadl na pouhých 19 (všechny součty vlastní dopočet).

Na co se žadatel ptal

Žadatel podle zákona č. 106/1999 Sb., o svobodném přístupu k informacím, požádal Finanční správu o statistické údaje ke třem věcem najednou:

• počet daňových subjektů – veřejně prospěšných poplatníků registrovaných u vybraných správců daně,
• počet provedených kontrolních postupů u těchto poplatníků,
• počet místních šetření u téže skupiny,

a to za dva srovnávané roky – 2022 a 2023.

Veřejně prospěšný poplatník je přitom pojem definovaný v § 17a zákona č. 586/1992 Sb., o daních z příjmů. Zjednodušeně jde o subjekty, jejichž hlavní činností není podnikání za účelem zisku – typicky spolky, nadace, nadační fondy, ústavy, obecně prospěšné společnosti, církevní právnické osoby, veřejné vysoké školy či příspěvkové organizace. Žadatele tedy zajímalo, jak intenzivně tuto rozsáhlou skupinu neziskového sektoru správce daně kontroluje.

Co odpověděla Finanční správa

GFŘ v úvodu odpovědi upozornilo na dvě metodická omezení, bez nichž čísla nelze správně číst:

1. V daňovém informačním systému jsou evidováni jen ti VPP, kteří měli povinnost podat daňové přiznání k dani z příjmů právnických osob, případně jej podali dobrovolně. Do počtů se promítají poplatníci, kteří v přiznání uvedli typ poplatníka „3" – tedy veřejně prospěšný poplatník ve smyslu § 17a. GFŘ výslovně doplnilo, že VPP nemají povinnost podat přihlášku k registraci, pokud přijímají pouze příjmy, které nejsou předmětem daně, jsou od daně osvobozené, nebo z nichž je daň vybírána srážkou. Řada reálně existujících neziskových subjektů se proto do statistiky vůbec nedostane.

1. Počty kontrolních postupů jsou uváděny podle roku jejich ukončení. Nemusí se proto nutně týkat subjektů, které jsou ve stejném roce vykázány jako veřejně prospěšní poplatníci.

Následující tabulka přebírá čísla přesně tak, jak je GFŘ poskytlo pro jednotlivé finanční úřady.

Počty veřejně prospěšných poplatníků a kontrolních postupů podle FÚ

Odpověď se vztahuje na sedm vybraných finančních úřadů, nikoli na všech čtrnáct krajských FÚ v ČR – žadatel se výslovně ptal na „vybrané správce daně".

Souhrny (vlastní dopočet z tabulky výše)

Meziroční pokles počtu evidovaných VPP činil 714 subjektů (vlastní dopočet, 36 990 − 36 276).

Co z odpovědi vyplývá

Kontrolní zatížení neziskového sektoru je u sledovaných úřadů velmi nízké. Proti desítkám tisíc evidovaných poplatníků stály jen desítky ukončených daňových kontrol. Poměr 30 kontrol na 36 990 poplatníků (2022) i 35 na 36 276 (2023) znamená, že plná daňová kontrola se dotkla řádově méně než desetiny procenta VPP (vlastní dopočet ze zveřejněných čísel).

Praha je co do kontrolní aktivity v jiné lize u „měkčích" nástrojů. Zatímco daňových kontrol vykázala jednotky (12, resp. 8), postupů k odstranění pochybností měla mnohonásobně víc než ostatní kraje dohromady (82 z 88 v roce 2022, 92 z 98 v roce 2023). To odpovídá koncentraci velkých neziskových organizací v hlavním městě.

Nejvýraznější meziroční změnou je propad počtu místních šetření – ze 100 v roce 2022 na 19 v roce 2023 (vlastní dopočet). Tažný byl zejména Jihomoravský kraj (z 30 na 6) a Olomoucký kraj (z 33 na 3). Naopak počet postupů k odstranění pochybností i počet kontrol mírně vzrostl.

Rozložení mezi kraji je nerovnoměrné i u samotné evidence poplatníků. Nejvíc VPP je vykázáno v Praze a Jihomoravském kraji (obě přes 7 000), nejméně ve Zlínském kraji (přes 3 300).

Co z odpovědi naopak nevyplývá

Odpověď dle § 106 (správně § 14 zákona č. 106/1999 Sb.) není závazným výkladem práva a neříká nic o tom, jak by měl konkrétní poplatník postupovat.

• Nejde o celostátní čísla. Data pokrývají jen sedm vybraných finančních úřadů. Součty proto nelze vydávat za počty za celou Českou republiku.
• Čísla nevypovídají o skutečném počtu neziskových organizací. Zahrnují pouze VPP, kteří podali přiznání k dani z příjmů právnických osob. Subjekty s výhradně osvobozenými příjmy či příjmy mimo předmět daně se do statistiky nedostaly.
• Kontrolní postupy nelze párovat s poplatníky téhož roku. GFŘ výslovně uvádí, že jsou počítány podle roku ukončení a nemusí se týkat subjektů vykázaných ve stejném roce.
• Data neříkají nic o výsledcích kontrol – tedy o výši doměřené daně, sankcí ani o úspěšnosti správce daně. Jde čistě o počty úkonů.
• Nízký počet kontrol neznamená nízké riziko. Z dat nelze dovozovat, že neziskové subjekty „nebývají kontrolovány" – vzorek postupů k odstranění pochybností i místních šetření ukazuje, že správce daně nástroje používá, jen cíleně.

Co to znamená pro podnikatele

I když se čísla týkají veřejně prospěšných poplatníků, jsou poučná i pro běžné OSVČ a e-shopy. Statistika ukazuje logiku správce daně: plná daňová kontrola je vzácná, ale „měkčí" nástroje – postup k odstranění pochybností a místní šetření – přicházejí mnohem častěji a bez předchozího varování. Postup k odstranění pochybností typicky začíná tím, že úřad na základě přiznání pojme pochybnost a vyzve poplatníka, aby ji vysvětlil a doložil doklady.

Modelový příklad: provozovatelka e-shopu s ručně vyráběnou kosmetikou zároveň vede zapsaný spolek, který pořádá osvětové akce. U spolku (VPP) i u vlastního podnikání platí stejná zásada – v okamžiku, kdy dorazí výzva, musí být schopná ke každé položce v přiznání dohledat prvotní doklad: fakturu, účtenku, bankovní výpis. Pokud doklady dohledává týdny, roste riziko, že pochybnost nevyvrátí a daň jí bude doměřena.

Právě tady pomáhá doklad.ai čistě prakticky:

• Přehled dokladů na jednom místě – přijaté i vydané faktury a účtenky jsou uložené a vyhledatelné, takže na výzvu k odstranění pochybností lze reagovat v řádu minut, ne dnů.
• Průběžná kontrola úplnosti – systém upozorní na chybějící nebo nespárované doklady dřív, než se stanou problémem v přiznání.
• Evidence, která odpovídá požadavkům správce daně – ať jde o podnikání, nebo o vedlejší neziskovou aktivitu, doklady jsou vedeny konzistentně a dají se rychle exportovat pro účetní i pro finanční úřad.

Poučení z dat je jednoduché: pravděpodobnost plné kontroly je nízká, ale připravenost doložit každé číslo v přiznání se vyplatí vždy – protože postup k odstranění pochybností může přijít kdykoli a nečeká.

Zdroj

- Orgán: Generální finanční ředitelství (GFŘ)

- Typ: odpověď dle zákona č. 106/1999 Sb. o svobodném přístupu k informacím — není závazným výkladem práva

- Č.j.: 007/2025

- Téma: Statistické údaje k veřejně prospěšným poplatníkům (7/25)

- Odkaz: https://financnisprava.gov.cz/assets/cs/prilohy/fs-generalni-financni-reditelstvi/Informace_106_2025_007.docx

- Aktuálnost ověřena: 11. 7. 2026

- Poznámka o povaze dat: Data pocházejí z jednotlivé odpovědi dle zákona o svobodném přístupu k informacím a pokrývají pouze sedm vybraných finančních úřadů. Souhrnné součty a meziroční rozdíly v článku jsou vlastním dopočtem redakce z hodnot uvedených v odpovědi; dílčí čísla po jednotlivých úřadech jsou převzata doslovně. Nejde o celostátní statistiku ani o závazný výklad.