Intercompany fakturace — jak fakturovat mezi vlastními firmami

26. července 2026 · Ing. Martin Procházka · invoicing

Intercompany fakturace bez průšvihu: ceny na úrovni trhu, DPH správně, doklady v cajku. Praktický průvodce pro OSVČ a malé firmy v ČR.

Intercompany fakturace — jak fakturovat mezi vlastními firmami

Sedíš nad dvěma IČ a říkáš si: „Proč to vlastně nevyfakturuju sám sobě?“ Jasně, jde to. Ale musí to sedět — na čísla, na DPH i na cenu. A hlavně tak, abys to obhájil u FÚ, když zazvoní.

Intercompany fakturace je normální byznys mezi spojenými osobami. Jen má pár háčků. Přesně. Dám ti návod, jak to udělat čistě a bez křečí.

Co přesně je intercompany fakturace a kdy ji použiješ?

Intercompany fakturace je vystavení faktury mezi firmami, které jsou personálně nebo majetkově propojené (spojené osoby). Typicky: tvoje s.r.o. A poskytne službu tvému s.r.o. B, nebo jako OSVČ pronajímáš vlastnímu s.r.o. kancelář.

• Úplně běžné: sdílené služby (administrativa, IT), pronájem, přeprodej zboží, management fee.
• Cíl: dostat náklady a výnosy tam, kde ekonomicky patří. Ne „optimalizace“ za každou cenu.
• Hlavní mantinel: cena obvyklá (arm's length). Žádné haléře navíc jen proto, že je to „naše“.

💡 Tip: Máš jeden bankovní účet pro víc firem? Nedělej to. Každá firma vlastní účet. A převody vždy podložené fakturou nebo smlouvou.

Jak na ceny obvyklé mezi spojenými osobami, aby to prošlo

Cena obvyklá znamená, že si mezi vlastními firmami účtuješ to, co bys účtoval nezávislému klientovi. Realita? Ne vždy to jde přesně. Ale musíš to umět vysvětlit a doložit.

Jak cenu stanovit v praxi

• Srovnání s externí nabídkou (nabídky konkurence, ceník, e-maily, inzerce).
• Cost-plus: náklady + přiměřená marže (u interních služeb nejčastější).
• Tržní benchmark: veřejné sazebníky, cenové mapy, tarify, platformy.

Co si schovej do šanonu (nebo do cloudu)

• Rámcovou smlouvu o poskytování služeb / pronájmu.
• Výpočet ceny (excel, kalkulace nákladů, hodinové sazby, sazebník).
• Důkaz o realizaci: timesheety, předávací protokoly, e-maily, ticketing.

💡 Tip: V interní směrnici si sepiš, jak ceny počítáš (metoda, marže, frekvence revize). Zabere to hodinu a může to ušetřit desítky tisíc na doměrcích.

Jak účtovat DPH u intercompany fakturace mezi českými firmami

DPH se neptá, jestli jsou firmy „tvoje“. Zajímají ho pravidla: co je předmětem, kde je místo plnění a kdo je plátce.

Když obě firmy jsou plátci DPH v ČR

• Služby: standardně účtuješ sazbu DPH jako by to byl cizí klient (nejčastěji 21 %). Místo plnění je v ČR, pokud je příjemce v ČR a jde o většinu služeb B2B.
• Zboží: prodáváš s českou DPH podle sazby zboží.
• Výjimky: vybrané položky spadají do tuzemského reverse charge (např. stavební práce v určitých kódech CZ-CPA). Tam vystavíš bez DPH s textem „Přenesení daňové povinnosti“.

Když jedna firma není plátcem DPH

• Plátce fakturuje neplátci s DPH (není reverse charge jen proto, že jste propojení).
• Neplátce DPH nevykazuje, jen přijímá cenu včetně DPH do nákladů.

Skupina pro DPH (DPH skupina)

• Pokud jsou firmy registrované jako DPH skupina, obchody uvnitř skupiny nejsou předmětem DPH (z pohledu daně je to jedna osoba). Pozor na smlouvy a vnitroskupinové evidence.

Místo plnění do zahraničí

• Když jedna tvoje firma sídlí v EU mimo ČR: u většiny služeb B2B je místo plnění u příjemce — fakturuješ bez DPH s poznámkou o přenesení daňové povinnosti a uvedeš DIČ odběratele (VAT ID). Souhrnné hlášení povinné.
• Mimo EU: obvykle bez české DPH, ale ohlídej si registrace v cizině.

Kdy je intercompany fakturace v pohodě a kdy smrdí?

Krátce: v pohodě je, když odpovídá realitě. Smrdí, když je to jen hra s papírem.

V pohodě

• Sdílené IT a administrativa, kde je jasná metodika rozúčtování.
• Pronájem firemního majetku s tržním nájemným a protokolem o předání.
• Režijní náklady rozpočítané podle klíče (m2, hodiny, obrat) a doložené.

Smrdí

• Faktury bez plnění („půjčím si náklad na DPH“). Ne.
• Extrémní marže mezi vlastními firmami bez logiky.
• Přefakturace, která jen snižuje základ daně tam, kde je zisk.

Praktický postup: jak vystavit intercompany fakturu krok za krokem

• Připrav si rámcovou smlouvu a kalkulaci ceny (cost-plus nebo ceník).
• Urči místo plnění a režim DPH (standard, reverse charge, bez DPH).
• Sepiš konkrétní plnění: rozsah, období, hodiny, jednotky.
• Vystav fakturu: správný odběratel, IČ/DIČ, sazba/poznámka k DPH, variabilní symbol.
• Připoj předávací protokol nebo výkaz práce.
• Ulož podklady (smlouva, kalkulace, evidence) k faktuře.
• Sleduj splatnost a spáruj platby.

Jak to celé obhájit u kontroly: dokumentace a interní směrnice

Jasně, papírování není sexy. Ale u spojených osob je to tvoje záchranná síť.

Co mít připraveno

• Smlouva o službách/pronájmu (popis, periodicita, cena, klíč rozúčtování).
• Metodika ceny (marže, benchmark, důvod volby metody).
• Důkaz plnění (timesheety, helpdesk, přepravní listy, fotodokumentace).
• Faktury + vazba na účetnictví, úhrady a interní předávací protokoly.

Jak často cenu revidovat

• Minimálně jednou ročně.
• Při významné změně nákladů (mzdy, nájem, energie) aktualizuj kalkulaci.

Příklady: nejčastější scénáře a jak účtovat

| s.r.o. A přeprodává zboží s.r.o. B | Oba plátci | dle sazby zboží | Tržní marže nebo cost-plus. Fyzické dodání podlož.

💡 Tip: U nájmů si vždy ověř, jestli máš povinnost zdanit (u vybraných nájmů lze volit režim zdanění). Když zdaníš, drž se stejného postupu dlouhodobě.

Jak nastavit vnitroskupinové služby a rozúčtování režie férově

Vnitroskupinové služby (accounting, HR, IT, management) mají společné: těžko se oceňují. Řešení? Metodika.

Rozúčtovací klíče, které dávají smysl

• Podle hodin práce (timesheety).
• Podle obratu (u management fee, pokud je náplň provázaná s tržbami).
• Podle počtu zaměstnanců (HR, mzdovka).
• Podle metrů čtverečních (nájem, energie, úklid).

Co nedělat

• Jedna částka „od oka“ bez výpočtu. Ne.
• Každý měsíc jiná marže bez důvodu.

Jak psát texty položek na faktuře, aby účetní i kontrolor chápal

Krátké, ale výstižné. Konkrétní období, počet hodin/jednotek a odkaz na smlouvu.

Příklad položky:

• „Služby IT podpory dle smlouvy 01/2024–03/2024, 24 h × 1 200 Kč/h, report č. IT-2024-03“
• „Pronájem kanceláře, Praha – 2. patro, 45 m², duben 2026, dle smlouvy PR-2024/01“

Účtování a daně z příjmů: co si pohlídat mimo DPH

• Náklad u odběratele musí být daňově uznatelný — tzn. pro dosažení/udržení/příjmu. Fiktivní služby? Neuznatelné.
• Přiměřenost ceny: extrémně vysoká cena může být vyhodnocena jako skryté vyplacení zisku.
• Srážkové daně: běžně ne u tuzemských služeb. Pozor u přeshraničních licencí/úroků.
• Transfer pricing dokumentace: malé firmy zpravidla bez povinnosti rozsáhlé dokumentace, ale základní zdůvodnění ceny měj vždy.

Nejčastější chyby u intercompany fakturace a jak jim předejít

• Chybí smlouva a metodika ceny. Řešení: rámcová smlouva + příloha s kalkulací.
• Špatná DPH sazba nebo reverse charge tam, kde nemá být. Řešení: kontrolní seznam podle typu plnění.
• Nesedí období a rozsah. Řešení: předávací protokoly a timesheety.
• Jedna firma věčně dluží druhé. Řešení: splatnosti, upomínky, interní cash-flow plán.

Jak to udělat v Doklad.ai rychle a správně

• Vytvoř si obě firmy jako oddělené subjekty (každá má vlastní bankovní účet a DIČ, pokud je plátce).
• V adresáři přidej „sesterskou“ firmu jako zákazníka s přesnými identifikačními údaji.
• Nastav šablonu položek s odkazem na smlouvu a reporty.
• U DPH zvol správnou sazbu nebo režim přenesení daňové povinnosti.
• Automatizuj párování plateb a připomínky splatnosti.

💡 Tip: Ulož si do Doklad.ai skeny smluv, kalkulace a protokoly k faktuře. Při kontrole je máš na dvě kliknutí.

Mini-checklist pro tebe: vystavujeme intercompany fakturu

• Je plnění reálné a potřebné? Ano.
• Máme smlouvu/objednávku? Ano.
• Cena obvyklá a umím ji doložit? Ano.
• Správná DPH sazba/režim a textace? Ano.
• Přílohy: výkazy, protokol, fotky? Ano.
• Platební údaje a splatnost nastavené? Ano.

Kdy přemýšlet o DPH skupině nebo konsolidaci služeb

• Máš víc firem se vzájemně intenzivními obchody a nechceš řešit DPH uvnitř? DPH skupina může dávat smysl (ale má nároky na řízení a společnou odpovědnost).
• Sdílené služby s jednotnou metodikou a menší administrativou. Fajn, když jsi připraven na auditní stopu.

Závěrem: Intercompany fakturace je fajn sluha, ale drž se pravidel

Fakturuj jako by to byl cizí klient: jasné plnění, cena obvyklá, správné DPH a doklady v šuplíku. Když tohle sedí, intercompany fakturace ti skvěle srovná náklady a výnosy mezi firmami. A ano, i kontrolor bude spokojený. Klíčové slovo na konec? Intercompany fakturace. Prostě.

Časté otázky

Můžu si fakturovat „sám sobě“ bez DPH, když jsou to moje firmy?

Ne automaticky. Pokud nejsi v DPH skupině a jde o tuzemské plnění mezi dvěma českými plátci, u většiny služeb a zboží účtuješ standardní DPH. Bez DPH jen u speciálních režimů (reverse charge) nebo při přeshraničním plnění se zahraničním místem plnění.

Jak doložím cenu obvyklou, když nemám externí nabídky?

Použij cost-plus: sepiš náklady (mzdy, režie) a přidej přiměřenou marži. Metodiku si ulož jako interní směrnici a jednou ročně ji aktualizuj. Pomůže i veřejný ceník nebo benchmarking podobných firem.

Co napsat na fakturu, aby prošla kontrolou?

Přesný popis plnění, období, jednotky (hodiny, m2), odkaz na smlouvu a správný režim DPH (včetně textu o přenesení daňové povinnosti, pokud platí). Uveď IČ/DIČ obou stran a dbej na logickou návaznost na protokoly či výkazy.

Kdy musím podávat souhrnné hlášení u intercompany fakturace?

Když fakturuješ službu s místem plnění v jiném státě EU osobě registrované k DPH v EU (B2B). Fakturu vystavíš bez české DPH a transakci uvedeš v souhrnném hlášení za období, kdy vznikla povinnost přiznat daň.

Je management fee mezi mými firmami daňově uznatelné?

Ano, pokud je prokazatelně poskytnuté, ekonomicky opodstatněné a cena je obvyklá. Měj smlouvu, metodiku rozúčtování a důkazy o činnosti (zápisy, e-maily, reporty času). Bez toho hrozí neuznání nákladu.

Má smysl DPH skupina pro malé firmy?

Může, pokud je mezi firmami velký objem vzájemných plnění a chceš eliminovat DPH uvnitř. Počítej ale s administrativou, společnou ručebností a nutností koordinace účetnictví. Bez procesů to může být víc starostí než užitku.